مطالعه بیوانفورماتیکی بیماری ورم پستان گاو ایجاد شده توسط لیپوپلی ساکارید اشرشیاکلی با استفاده از داده‌های ریزآرایه

نویسندگان

  • بیگدلی پاشایی , محسن
  • خداکریم, سهیلا
  • دقیق‌کیا, حسین
  • علیجانی, صادق
  • وجدی حکم‌آباد , صمد
چکیده مقاله:

  سابقه و هدف: به منظور توسعه استراتژی‌های جدید برای جلوگیری از ورم پستان از نوع اشرشیاکلی، داشتن فهم درست از جزئیات و مکانیسم‌های مولکولی درگیر در پاسخ‌های ایمنی میزبان به این باکتری ضروری می‌باشد. در این تحقیق با استفاده از اطلاعات ترانسکریپتومیکس موجود به مطالعه بیوانفورماتیکی این بیماری پرداخته شد. مواد و روش‌ها: داده‌های حاصل از مطالعه گیلبرت و همکارانش که با استفاده از تکنیک ریزآرایه انجام شده بود از سایت GEO استخراج گردید. بر اساس داده‌های استخراج شده با استفاده از پایگاه داده String برهمکنش بین پروتئین‌ها شناسایی شده و توسط نرم‌افزار Cytoscape شبکه برهمکنش پروتئین – پروتئین آن رسم گردید. آنالیز‌های شبکه جهت یافتن هاب‌ها و دسته‌بندی بر اساس GO برای هر شبکه توسط CluGO-Clue-pedia انجام شد. یافته‌ها: شبکه برهمکنش پروتئین - پروتئین از ژن‌هایی با بیان متفاوت در بافت پستان گاو آلوده شده با لیپوپلی ساکارید برگرفته از باکتری E. coli بعد از گذشت 3 و 6 ساعت تعیین شد. بخش‌های مشترک دو شبکه انتخاب شد و در آنالیز شبکه حاصله، ژن‌های IL6، IFIH1، PARP14 ،IL1B ،ISG15 ،GRO1 ، IFIT3، CCL5، ICAM1، IRF9 و NOS2 دارای بیش‌ترین درجه بودند که به عنوان هاب‌های شبکه عمل می‌کنند. آنالیز خوشه‌بندی بر اساس GO، مهم‌ترین فرآیندهای بیولوژیکی، عمل‌کردهای ملکولی، جایگاه سلولی، فرآیندهای سیستم ایمنی و مسیرهای حاکم بر اساس پایگاه KEGG تعیین شد.  نتیجه‌گیری: نتایج نشان داد که با افزایش زمان حضور پاتوژن در میزبان تعداد برهمکنش‌ها در پروتئین‌های هاب هم‌راه با افزایش است بنابراین این پروتئین‌ها می‌توانند کاندیدای هدف‌های دارویی باشند

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

مطالعه بیوانفورماتیکی بیماری ورم پستان گاو ایجاد شده توسط لیپوپلی ساکارید اشرشیاکلی با استفاده از داده های ریزآرایه

سابقه و هدف: به منظور توسعه استراتژی های جدید برای جلوگیری از ورم پستان از نوع اشرشیاکلی، داشتن فهم درست از جزئیات و مکانیسم های مولکولی درگیر در پاسخ های ایمنی میزبان به این باکتری ضروری می باشد. در این تحقیق با استفاده از اطلاعات ترانسکریپتومیکس موجود به مطالعه بیوانفورماتیکی این بیماری پرداخته شد. مواد و روش ها: داده های حاصل از مطالعه گیلبرت و همکارانش که با استفاده از تکنیک ریزآرایه انجام ...

متن کامل

بررسی انباشت اطلاعات در توالی DNA اشرشیاکولی موثر در بیماری ورم پستان در گاو شیری با استفاده از نظریه اطلاعات

سابقه و هدف: بیماری ورم پستان هزینه‌های زیادی را سالانه به واحدهای پرورش گاو شیری در کشورهای مختلف وارد می‌کند. ورم پستان ناشی از باکتری اشرشیاکولی، در گاوهای با تولید شیر بالا شایع بوده که همراه با تعداد کم سلول‌های بدنی در شیر است. شدت و تأثیر ورم پستان ناشی از باکتری اشرشیاکولی در بین گاوهای درون یک گله و همچنین در بین مراحل مختلف شیرواری یک گله متفاوت است. حالت شدید ورم پستان ناشی از باکتری...

متن کامل

پویش ژنگانی نشانه‌های انتخاب مرتبط با بیماری ورم پستان در گاو هلشتاین آلمانی

اهلی­سازی و انتخاب به‌شدت در ویژگی‌های ظاهری و رفتاری حیوان‌های اهلی امروزی تغییر ایجاد کرده است. در این مسیر انتخاب­های انجام‌شده توسط انسان نشانه­های قابل شناسایی را در ژنگان (ژنوم) گاوهای امروزی به جا گذاشته که آشکار­سازی این نشانه­ها می­تواند به اصلاح و بهبود ژنتیکی صفات مهم اقتصادی در این دام‌ها کمک کند. امروزه بیماری ورم پستان یکی از مهم‌ترین چالش­های اقتصادی در صنعت گاو شیری است که به‌طو...

متن کامل

اثر محافظتی عصاره هیدروالکلی خرفه بر بهبود آسیب اکسیداتیو القا شده توسط لیپوپلی ساکارید درهیپوکمپ موش‌صحرایی

مقدمه: یکی از مهم‌ترین عوامل بروز اختلالات نورودژنریتیو و بیماری‌هایی با نقص در یادگیری و حافظه مانند الزایمر و زوال عقل، التهاب دستگاه عصبی است که معمولاً با استرس اکسیداتیو همراه می‌شود. التهاب دستگاه عصبی می تواند منجر به فعال شدن سلولهای ایمنی و راه‌اندازی آبشاری از واکنش‌های سلولی و شیمیایی شده و درنهایت باعث تولیدمقادیر بسیار زیادی از گونه‌های فعال اکسیژن گردد. مطالعات اخیر نشان داده اند ک...

متن کامل

اپیدمیولوژی مولکولی سوش‌های مایکوپلاسما بویس جدا شده از عفونت‌های ورم پستان بالینی در گاو

مایکوپلاسما بویس از گونه‌های بیماری‌زای اصلی و شایع‌ترین عامل ایجاد پنومونی، ورم پستان و آرتریت در گاو می‌باشد. هدف از این مطالعه، ارزیابی اپیدمیولوژی مولکولی (سن، میزان تولید، اندازه گله، نوع ترشحات بافت پستان، میزان افت تولید و سابقه ورم پستان بالینی) سوش‌های مایکوپلاسما بویس جدا شده از عفونت‌های ورم پستان بالینی در گاو بود. نمونه‌گیری از 328 گاو مبتلا به ورم پستان بالینی (Purposive sampling)...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


عنوان ژورنال

دوره 17  شماره 1

صفحات  214- 223

تاریخ انتشار 2015-09

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

کلمات کلیدی

کلمات کلیدی برای این مقاله ارائه نشده است

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023